Судя по картинке все нормально, частота 153.6 КГц, получается 1/153.6=0.0065сек. т.е., 6.5мкс., получается 6.5 делений на 2 импульса при развертке в 2мкс/дел.
Странно конечно что не захотели работать USB версии, так как они по определению должны работать стабильнее чем переходник+адаптер. Ну да ладно, раз уж коробка читается то скорее всего проблема именно с генератором СЛК но не факт, по тому что модули совершенно разные и возможна проблема с уровнями сигналов на RX TX. Если есть возможность сними осциллограммы с РХ и ТХ когда обмен с коробкой работает, тогда точно можно будет более точно определиться. Как вариант попробуй заменить в базах обоих транзисторов, резисторы на 1кОм, потому что фронты сильно затянуты, видно что транзистор открывается медленно.
П.С.какие поставил транзисторы?