Если только при торможении то может быть проблема с опорами коробки или двигателя.
А попробуй еще так сделать разгонись, включи нейтралку и тормози до полной остановки (на нейтральной передаче) без сцепления.
Будет стук или нет?
И еще я имел место стук не непосредственно при трогании, а стук при включении первой передачи перед началом движения.
Я это к чему спрашиваю - помоему у такого агрегата как КПП должен быть определенный свододный ход на подушках, тем более нажимая сцепление ты как бы "отвязываешь" коробку от двигателя и она может себе позволить слегка (именно слегка) динуться в подкапотном пространстве.
С уважением.